Декомпозиция структуры паттерна скрытой профильной периодичности в последовательностях ДНК
Опубликовано: 01.11.2012
Авторы: Кутыркин В.А., Чалей М.Б.
Опубликовано в выпуске: #2(2)/2012
DOI: 10.18698/2308-6033-2012-2-66
Раздел: Математическое моделирование | Рубрика: Моделирование в биологии
Рассмотрены методы декомпозиции случайных паттернов периодичности кодирующих последовательностей ДНК, в которых наблюдается скрытая профильная периодичность. Наблюдаемое в таких последовательностях явление 3-регулярности, обусловленное триплетным генетическим кодом, позволило значительно повысить эффективность процесса декомпозиции.
Литература
[1] Chaley M., Kutyrkin V. Model of perfect tandem repeat with random pattern and empirical homogeneity testing polycriteria for latent periodicity revelation in biological sequences // Math. Biosci., 2008, N 211. Р. 186–204
[2] Chaley M., Kutyrkin V. Profile-statistical periodicity of DNA coding regions // DNA Res., 2011, N 18. Р. 353–362
[3] Chaley M.B., Kutyrkin V.A. Structure of proteins and latent periodicity in their genes // Moscow Univ. Biol. Sci. Bull., 2010, N 65. Р. 133–135
[4] Кутыркин В.А., Чалей М.Б. Распознавание различных уровней в организации кодирования генетической информации // Вестник МГТУ им. Н.Э. Баумана. Сер. Естественные науки. 2011. Спец. выпуск Математическое моделирование. С. 200–215
[5] Kanehisa M. еt al. KEGG for integration and interpretation of large-scale molecular data sets // Nucleic Acids Res. 1–6. 2011 doi:10.1093/nar/gkr988
[6] Кутыркин В.А., Чалей М.Б. Структурные различия кодирующих и некодирующих районов последовательностей ДНК генома человека // Вестник МГТУ им. Н.Э. Баумана. Сер. Естественные науки. Спец. выпуск № 3. Математическое моделирование. М., 2012. С. 146–157