Структурные различия кодирующих и некодирующих районов последовательностей ДНК генома человека
Опубликовано: 01.11.2012
Авторы: Кутыркин В.А., Чалей М.Б.
Опубликовано в выпуске: #2(2)/2012
DOI: 10.18698/2308-6033-2012-2-46
Раздел: Математическое моделирование | Рубрика: Моделирование в биологии
Проведен количественный анализ регулярных структурных свойств кодирующих и некодирующих районов последовательностей генома человека. На его основе предложен эффективный статистический критерий, позволяющий распознавать кодирующие районы последовательности ДНК генома человека. В них выявлена двухуровневая организация кодирования генетической информации.
Литература
[1] Tsonis A.A., Elsner J. B., Tsonis P. A. Periodicity in DNA coding sequences: Implications in gene evolutions // J. Theor. Biol. – 1991. – Vol. 151. – 323–331
[2] Fickett J.W., Tung C.-S. Assessment of protein coding measures // Nucleic Acids Res. – 1992. – Vol. 20. – 6441–6450
[3] Lobzin V.V., Chechetkin V.R. Order and correlations in genomic DNA sequences. The spectral approach // Physics – Uspekhi. – 2000. – Vol. 43(1). – 55–78
[4] Chaley M.B., Kutyrkin V.A. Structure of proteins and latent periodicity in their genes // Moscow Univ. Biol. Sci. Bull. – 2010. –Vol. 65. – 133–135
[5] Chaley M., Kutyrkin V. Profile-statistical periodicity of DNA coding regions // DNA Res. – 2011. –Vol. 18. – 353–362
[6] Chaley M., Kutyrkin V. Model of perfect tandem repeat with random pattern and empirical homogeneity testing poly-criteria for latent periodicity revelation in biological sequences // Math. Biosci. – 2008. –Vol. 211. – 186–204
[7] Benson G. Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences // Nucleic Acids Res. – 1999. – Vol. 27. – 573–580
[8] Kanehisa M., Goto S., Sato Y., et al. KEGG for integration and interpretation of large-scale molecular data sets // Nucleic Acids Res. – 2011. – Vol. 1–6 (doi:10.1093/nar/gkr988)
[9] Shepelev V., Fedorov A. Advances in the Exon-Intron Database (EID) // Brief. Bioinform. – 2006. –Vol. 7(2). – 178–185
[10] Gelfand Y., Rodriguez A., Benson G. 2006. TRDB – The tandemrepeats database // Nucleic Acids Res. Database issue. – D1–D8 (doi:10.1093/nar/gkl1013)
[11] Lubec G., Afjehi-Sadat L., Yang J. W., John J. P. Searching for hypothetical proteins: theory and practice based upon original data and literature, Prog. Neurobiol. – 2005. – Vol. 77. – 90–127