Проведено экспериментальное исследование процесса течения смеси воды и воздуха через рабочую ячейку блока вакуумной сепарации под действием перепада давления. Анализ результатов эксперимента позволил выявить особенности данного процесса: в рабочей системе имеется неравномерность поля давлений, сопротивление пористых тел переменно в зависимости от номера ячейки и времени прокачки. Также следует отметить огромное влияние капиллярных сил в двухфазной среде на рабочий процесс прокачки исходной смеси через ячейки с пористыми телами. Для описания выявленных аспектов и численного исследования характеристик поля давления и распределения насыщенности фаз была разработана математическая модель нестационарного процесса двухфазного течения газожидкостной смеси через пористое тело в ячейке установки вакуумной сепарации растворов ДНК под действием перепада давления между атмосферным и давлением в вакуумной камере.