Рассмотрен методический подход к выявлению программных закладок в программном обеспечении систем критических приложений, который базируется на анализе предметной области, связанной с функционированием таких систем. Понятие программной закладки является локальным и зависит от системы, в которую ее внедряют. В связи с этим методический подход к выявлению программных закладок исследован на примере автоматизированной системы подготовки данных на полеты летательных аппаратов. В качестве программных закладок проанализировано вредоносное программное обеспечение, которое способно воздействовать на алгоритмы функционирования системы, нарушая штатный режим ее функционирования с нанесением весьма значительного ущерба целям применения системы. Определены действия для выявления вероятного места внедрения закладок, заключающиеся в раскрытии особенности оценки качества каждого из основных элементов системы и сущности программных закладок с учетом особенностей автоматизированной системы подготовки данных, описании системы с учетом ее особенностей, определении наиболее вероятного места внедрения программных закладок и условия их инициализации.